如何安装 libbam-dev Debian 10

了解如何安装 libbam-dev Debian 10 通过本教程。 libbam-dev 以 BAM 或 SAM 格式操作核苷酸序列比对

介绍

在本教程中我们学习如何安装 libbam-dev 在 Debian 10.

什么是 libbam-dev

libbam-dev 是:

BAM 库提供 I/O 和各种操作 BAM(二进制比对/映射)或 SAM(序列比对/图谱)格式的核苷酸序列比对的操作。 它现在支持从 SAM 导入或导出、排序、合并、生成堆积以及快速检索与指定区域重叠的读数。

该库是 SAMtools 版本 0.1.19 的一部分。 它已过时,仅用于构建尚未转换为 HTSlib(取代该库)的软件。

有三种安装方法 libbam-dev 在 Debian 10.我们可以使用 apt-get, aptaptitude。 在以下部分中,我们将描述每种方法。 您可以选择其中之一。

使用 apt-get 安装 libbam-dev

更新 apt 数据库 apt-get 使用以下命令。

更新apt数据库后,我们可以安装 libbam-dev 使用 apt-get 通过运行以下命令:

sudo apt-get -y install libbam-dev

使用 apt 安装 libbam-dev

更新 apt 数据库 apt 使用以下命令。

更新apt数据库后,我们可以安装 libbam-dev 使用 apt 通过运行以下命令:

sudo apt -y install libbam-dev

使用 aptitude 安装 libbam-dev

如果您想遵循此方法,您可能需要先安装 aptitude,因为 aptitude 通常不会默认安装 Debian。 更新 apt 数据库 aptitude 使用以下命令。

更新apt数据库后,我们可以安装 libbam-dev 使用 aptitude 通过运行以下命令:

sudo aptitude -y install libbam-dev

如何卸载 libbam-dev Debian 10

仅卸载 libbam-dev 打包我们可以使用以下命令:

sudo apt-get remove libbam-dev

卸载 libbam-dev 及其依赖项

卸载 libbam-dev 及其不再需要的依赖项 Debian 10、我们可以使用下面的命令:

sudo apt-get -y autoremove libbam-dev

删除 libbam-dev 配置和数据

去除 libbam-dev 配置和数据来自 Debian 10.我们可以使用如下命令:

sudo apt-get -y purge libbam-dev

删除 libbam-dev 配置、数据及其所有依赖项

我们可以使用下面的命令来删除 libbam-dev 配置、数据及其所有依赖项,我们可以使用以下命令:

sudo apt-get -y autoremove --purge libbam-dev

依赖关系

libbam-dev 具有以下依赖项:

参考

概括

在本教程中我们学习如何安装 libbam-dev 封装在 Debian 10. 使用不同的包管理工具: apt, apt-getaptitude