了解如何安装 libbam-dev Debian 10 通过本教程。 libbam-dev 以 BAM 或 SAM 格式操作核苷酸序列比对
介绍
在本教程中我们学习如何安装 libbam-dev
在 Debian 10.
什么是 libbam-dev
libbam-dev 是:
BAM 库提供 I/O 和各种操作 BAM(二进制比对/映射)或 SAM(序列比对/图谱)格式的核苷酸序列比对的操作。 它现在支持从 SAM 导入或导出、排序、合并、生成堆积以及快速检索与指定区域重叠的读数。
该库是 SAMtools 版本 0.1.19 的一部分。 它已过时,仅用于构建尚未转换为 HTSlib(取代该库)的软件。
有三种安装方法 libbam-dev
在 Debian 10.我们可以使用 apt-get
, apt
和 aptitude
。 在以下部分中,我们将描述每种方法。 您可以选择其中之一。
使用 apt-get 安装 libbam-dev
更新 apt 数据库 apt-get
使用以下命令。
更新apt数据库后,我们可以安装 libbam-dev
使用 apt-get
通过运行以下命令:
sudo apt-get -y install libbam-dev
使用 apt 安装 libbam-dev
更新 apt 数据库 apt
使用以下命令。
更新apt数据库后,我们可以安装 libbam-dev
使用 apt
通过运行以下命令:
sudo apt -y install libbam-dev
使用 aptitude 安装 libbam-dev
如果您想遵循此方法,您可能需要先安装 aptitude,因为 aptitude 通常不会默认安装 Debian。 更新 apt 数据库 aptitude
使用以下命令。
更新apt数据库后,我们可以安装 libbam-dev
使用 aptitude
通过运行以下命令:
sudo aptitude -y install libbam-dev
如何卸载 libbam-dev Debian 10
仅卸载 libbam-dev
打包我们可以使用以下命令:
sudo apt-get remove libbam-dev
卸载 libbam-dev 及其依赖项
卸载 libbam-dev
及其不再需要的依赖项 Debian 10、我们可以使用下面的命令:
sudo apt-get -y autoremove libbam-dev
删除 libbam-dev 配置和数据
去除 libbam-dev
配置和数据来自 Debian 10.我们可以使用如下命令:
sudo apt-get -y purge libbam-dev
删除 libbam-dev 配置、数据及其所有依赖项
我们可以使用下面的命令来删除 libbam-dev
配置、数据及其所有依赖项,我们可以使用以下命令:
sudo apt-get -y autoremove --purge libbam-dev
依赖关系
libbam-dev 具有以下依赖项:
参考
概括
在本教程中我们学习如何安装 libbam-dev
封装在 Debian 10. 使用不同的包管理工具: apt
, apt-get
和 aptitude
。