如何安装 comet-ms Ubuntu 18.04

在本教程中,我们学习如何安装 comet-ms Ubuntu 18.04。 comet-ms 是串联质谱 (MS/MS) 搜索引擎

介绍

在本教程中我们学习如何安装 comet-ms 在 Ubuntu 18.04。

什么是 comet-ms

彗星 MS 是:

Comet 是一个开源串联质谱 (MS/MS) 序列数据库搜索引擎。 它通过根据蛋白质序列数据库中存在的序列搜索 MS/MS 谱图来识别肽。

该软件包附带一个可执行 MS/MS 数据库搜索的二进制文件。 支持的输入格式为 mzXML、mzML 和 ms2 文件。 支持的输出格式为 .out、SQT 和 pepXML。

有三种安装方法 comet-ms 在 Ubuntu 18.04。 我们可以用 apt-get, aptaptitude。 在以下部分中,我们将描述每种方法。 您可以选择其中之一。

使用 apt-get 安装 comet-ms

更新 apt 数据库 apt-get 使用以下命令。

更新apt数据库后,我们可以安装 comet-ms 使用 apt-get 通过运行以下命令:

sudo apt-get -y install comet-ms

使用 apt 安装 comet-ms

更新 apt 数据库 apt 使用以下命令。

更新apt数据库后,我们可以安装 comet-ms 使用 apt 通过运行以下命令:

sudo apt -y install comet-ms

使用 aptitude 安装 comet-ms

如果您想遵循此方法,您可能需要先安装 aptitude,因为 aptitude 通常不会默认安装 Ubuntu。 更新 apt 数据库 aptitude 使用以下命令。

更新apt数据库后,我们可以安装 comet-ms 使用 aptitude 通过运行以下命令:

sudo aptitude -y install comet-ms

如何卸载 comet-ms Ubuntu 18.04

仅卸载 comet-ms 打包我们可以使用以下命令:

sudo apt-get remove comet-ms

卸载 comet-ms 及其依赖项

卸载 comet-ms 及其不再需要的依赖项 Ubuntu 18.04,我们可以使用以下命令:

sudo apt-get -y autoremove comet-ms

删除 comet-ms 配置和数据

去除 comet-ms 配置和数据来自 Ubuntu 18.04我们可以使用以下命令:

sudo apt-get -y purge comet-ms

删除 comet-ms 配置、数据及其所有依赖项

我们可以使用下面的命令来删除 comet-ms 配置、数据及其所有依赖项,我们可以使用以下命令:

sudo apt-get -y autoremove --purge comet-ms

参考

概括

在本教程中我们学习如何安装 comet-ms 封装在 Ubuntu 18.04 使用不同的包管理工具: apt, apt-getaptitude