如何安装 fml-asm Ubuntu 22.04

在本教程中,我们学习如何安装 fml-asm Ubuntu 22.04。 fml-asm 是用于在小区域组装 Illumina 短读段的工具

介绍

在本教程中我们学习如何安装 fml-asm 在 Ubuntu 22.04。

什么是 fml-asm

fml-asm 是:

Fml-asm 是一个基于 fermi-lite 文库的命令行工具,用于在大小从 100bp 到 1000 万 bp 的区域中组装 Illumina 短读段。 它主要是 fermikit 的轻量级内存版本,无需生成任何中间文件。 它继承了 fermikit 的性能、相对较小的内存占用和特性。 特别是,fermi-lite 能够保留杂合事件,因此可用于组装二倍体区域以达到变体调用的目的。

有三种安装方法 fml-asm 在 Ubuntu 22.04。 我们可以用 apt-get, aptaptitude。 在以下部分中,我们将描述每种方法。 您可以选择其中之一。

使用 apt-get 安装 fml-asm

更新 apt 数据库 apt-get 使用以下命令。

更新apt数据库后,我们可以安装 fml-asm 使用 apt-get 通过运行以下命令:

sudo apt-get -y install fml-asm

使用 apt 安装 fml-asm

更新 apt 数据库 apt 使用以下命令。

更新apt数据库后,我们可以安装 fml-asm 使用 apt 通过运行以下命令:

sudo apt -y install fml-asm

使用 aptitude 安装 fml-asm

如果您想遵循此方法,您可能需要先安装 aptitude,因为 aptitude 通常不会默认安装 Ubuntu。 更新 apt 数据库 aptitude 使用以下命令。

更新apt数据库后,我们可以安装 fml-asm 使用 aptitude 通过运行以下命令:

sudo aptitude -y install fml-asm

如何卸载 fml-asm Ubuntu 22.04

仅卸载 fml-asm 打包我们可以使用以下命令:

sudo apt-get remove fml-asm

卸载 fml-asm 及其依赖项

卸载 fml-asm 及其不再需要的依赖项 Ubuntu 22.04,我们可以使用以下命令:

sudo apt-get -y autoremove fml-asm

删除 fml-asm 配置和数据

去除 fml-asm 配置和数据来自 Ubuntu 22.04我们可以使用以下命令:

sudo apt-get -y purge fml-asm

删除 fml-asm 配置、数据及其所有依赖项

我们可以使用下面的命令来删除 fml-asm 配置、数据及其所有依赖项,我们可以使用以下命令:

sudo apt-get -y autoremove --purge fml-asm

参考

概括

在本教程中我们学习如何安装 fml-asm 封装在 Ubuntu 22.04 使用不同的包管理工具: apt, apt-getaptitude