如何安装bitseq Debian 10

了解如何安装bitseq Debian 10 通过本教程。 bitseq 是根据测序数据对转录本进行贝叶斯推理

介绍

在本教程中我们学习如何安装 bitseq 在 Debian 10.

什么是 bitseq

位序是:

BitSeq 是一款用于从测序 (RNA-Seq) 数据推断单个转录本的表达水平并估计条件之间的差异表达 (DE) 的应用程序。 这种方法的优点是能够考虑技术不确定性和内在生物学差异,以避免错误的 DE 调用。 技术上对不确定性的贡献既来自于有限的读取深度,也来自于读取到多个转录本的可能不明确的映射。

有三种安装方法 bitseq 在 Debian 10.我们可以使用 apt-get, aptaptitude。 在以下部分中,我们将描述每种方法。 您可以选择其中之一。

使用 apt-get 安装 Bitseq

更新 apt 数据库 apt-get 使用以下命令。

更新apt数据库后,我们可以安装 bitseq 使用 apt-get 通过运行以下命令:

sudo apt-get -y install bitseq

使用 apt 安装 Bitseq

更新 apt 数据库 apt 使用以下命令。

更新apt数据库后,我们可以安装 bitseq 使用 apt 通过运行以下命令:

sudo apt -y install bitseq

使用 aptitude 安装bitseq

如果您想遵循此方法,您可能需要先安装 aptitude,因为 aptitude 通常不会默认安装 Debian。 更新 apt 数据库 aptitude 使用以下命令。

更新apt数据库后,我们可以安装 bitseq 使用 aptitude 通过运行以下命令:

sudo aptitude -y install bitseq

如何卸载bitseq Debian 10

仅卸载 bitseq 打包我们可以使用以下命令:

sudo apt-get remove bitseq

卸载bitseq及其依赖项

卸载 bitseq 及其不再需要的依赖项 Debian 10、我们可以使用下面的命令:

sudo apt-get -y autoremove bitseq

删除bitseq配置和数据

去除 bitseq 配置和数据来自 Debian 10.我们可以使用如下命令:

sudo apt-get -y purge bitseq

删除bitseq配置、数据及其所有依赖项

我们可以使用下面的命令来删除 bitseq 配置、数据及其所有依赖项,我们可以使用以下命令:

sudo apt-get -y autoremove --purge bitseq

依赖关系

Bitseq 具有以下依赖关系:

参考

概括

在本教程中我们学习如何安装 bitseq 封装在 Debian 10. 使用不同的包管理工具: apt, apt-getaptitude