在本教程中，我们学习如何在 debian 9 上安装 stacks。stacks 是用于从短读 DNA 序列构建基因座的管道
介绍
在本教程中我们学习如何安装 stacks 在 Debian 9 上。
什么是 stacks
Stacks 是一个软件管道，用于从短读序列构建基因座，例如在 Illumina 平台上生成的序列。 Stacks 的开发是为了处理基于限制性内切酶的数据，例如 RAD-seq，目的是构建遗传图谱并进行群体基因组学和系统发育地理学。 。 请注意，此软件包安装 Stacks，因此所有命令都必须运行为： $ stacks
有三种安装方式 stacks 在 debian 9 上。我们可以使用 apt-get, apt 和 aptitude。 在以下部分中，我们将描述每种方法。 您可以选择其中之一。
使用 apt-get 安装堆栈
更新 apt 数据库 apt-get 使用以下命令。
更新apt数据库后，我们可以安装 stacks 使用 apt-get 通过运行以下命令：
sudo apt-get -y install stacks
使用 apt 安装堆栈
更新 apt 数据库 apt 使用以下命令。
更新apt数据库后，我们可以安装 stacks 使用 apt 通过运行以下命令：
sudo apt -y install stacks
使用 aptitude 安装堆栈
如果您想遵循此方法，您可能需要先安装 aptitude，因为 debian 上通常默认不安装 aptitude。 更新 apt 数据库 aptitude 使用以下命令。
更新apt数据库后，我们可以安装 stacks 使用 aptitude 通过运行以下命令：
sudo aptitude -y install stacks
如何在 debian 9 上卸载堆栈
仅卸载 stacks 打包我们可以使用以下命令：
sudo apt-get remove stacks
卸载堆栈及其依赖项
卸载 stacks 以及 debian 9 不再需要的依赖项，我们可以使用以下命令：
sudo apt-get -y autoremove stacks
删除堆栈配置和数据
去除 stacks 来自 debian 9 的配置和数据我们可以使用以下命令：
sudo apt-get -y purge stacks
删除堆栈配置、数据及其所有依赖项
我们可以使用下面的命令来删除 stacks 配置、数据及其所有依赖项，我们可以使用以下命令：
sudo apt-get -y autoremove --purge stacks
参考
概括
在本教程中我们学习如何安装 stacks 在 debian 9 上使用不同的包管理工具，如 apt、apt-get 和 aptitude。
