vcftools是VCF文件操作工具
介绍
在本教程中我们学习如何安装 vcftools 在 CentOS 8.
什么是 vcftools
设计用于处理 VCF 文件（例如由 1000 基因组计划生成的文件）的程序包。 VCFtools 的目的是提供使用 VCF 文件比较和计算一些基本群体遗传统计数据的方法。
我们可以用 yum 或者 dnf 安装 vcftools 在 CentOS 8. 在本教程中，我们讨论这两种方法，但您只需选择其中一种方法来安装 vcftools。
更新 yum 数据库 dnf 使用以下命令。
sudo dnf makecache --refresh
输出应如下所示：
CentOS Linux 8 - AppStream 43 kB/s | 4.3 kB 00:00
CentOS Linux 8 - BaseOS 65 kB/s | 3.9 kB 00:00
CentOS Linux 8 - ContinuousRelease 43 kB/s | 3.0 kB 00:00
CentOS Linux 8 - Extras 23 kB/s | 1.5 kB 00:00
CentOS Linux 8 - FastTrack 40 kB/s | 3.0 kB 00:00
CentOS Linux 8 - HighAvailability 36 kB/s | 3.9 kB 00:00
CentOS Linux 8 - Plus 24 kB/s | 1.5 kB 00:00
CentOS Linux 8 - PowerTools 50 kB/s | 4.3 kB 00:00
Extra Packages for Enterprise Linux Modular 8 - x86_64 13 kB/s | 9.2 kB 00:00
Extra Packages for Enterprise Linux 8 - x86_64 24 kB/s | 8.5 kB 00:00
Metadata cache created.
更新 yum 数据库后，我们可以安装 vcftools 使用 dnf 通过运行以下命令：
sudo dnf -y install vcftools
更新 yum 数据库 yum 使用以下命令。
sudo yum makecache --refresh
输出应如下所示：
CentOS Linux 8 - AppStream 43 kB/s | 4.3 kB 00:00
CentOS Linux 8 - BaseOS 65 kB/s | 3.9 kB 00:00
CentOS Linux 8 - ContinuousRelease 43 kB/s | 3.0 kB 00:00
CentOS Linux 8 - Extras 23 kB/s | 1.5 kB 00:00
CentOS Linux 8 - FastTrack 40 kB/s | 3.0 kB 00:00
CentOS Linux 8 - HighAvailability 36 kB/s | 3.9 kB 00:00
CentOS Linux 8 - Plus 24 kB/s | 1.5 kB 00:00
CentOS Linux 8 - PowerTools 50 kB/s | 4.3 kB 00:00
Extra Packages for Enterprise Linux Modular 8 - x86_64 13 kB/s | 9.2 kB 00:00
Extra Packages for Enterprise Linux 8 - x86_64 24 kB/s | 8.5 kB 00:00
Metadata cache created.
更新 yum 数据库后，我们可以安装 vcftools 使用 yum 通过运行以下命令：
sudo yum -y install vcftools
仅卸载 vcftools 打包我们可以使用以下命令：
vcftools 软件包内容位于 CentOS 8
/usr/bin/fill-aa
/usr/bin/fill-an-ac
/usr/bin/fill-fs
/usr/bin/fill-ref-md5
/usr/bin/vcf-annotate
/usr/bin/vcf-compare
/usr/bin/vcf-concat
/usr/bin/vcf-consensus
/usr/bin/vcf-contrast
/usr/bin/vcf-convert
/usr/bin/vcf-fix-newlines
/usr/bin/vcf-fix-ploidy
/usr/bin/vcf-indel-stats
/usr/bin/vcf-isec
/usr/bin/vcf-merge
/usr/bin/vcf-phased-join
/usr/bin/vcf-query
/usr/bin/vcf-shuffle-cols
/usr/bin/vcf-sort
/usr/bin/vcf-stats
/usr/bin/vcf-subset
/usr/bin/vcf-to-tab
/usr/bin/vcf-tstv
/usr/bin/vcf-validator
/usr/bin/vcftools
/usr/lib/.build-id
/usr/lib/.build-id/36
/usr/lib/.build-id/36/31559bbc85d68f20084ba5c0b4773a97faccc0
/usr/share/doc/vcftools
/usr/share/doc/vcftools/README.md
/usr/share/licenses/vcftools
/usr/share/licenses/vcftools/LICENSE
/usr/share/man/man1/vcftools.1.gz
/usr/share/perl5/vendor_perl/FaSlice.pm
/usr/share/perl5/vendor_perl/Vcf.pm
/usr/share/perl5/vendor_perl/VcfStats.pm
参考
概括
在本教程中我们学习如何安装 vcftools 在 CentOS 8 使用 yum 和 dnf。
